施肥的主要目的是增加作物产量，改善作物品质，培肥地力以及提高经济效益，但大量使用化肥，会使土壤有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，使蔬菜瓜果品质大大下降，农植物产量下降。
由于作物不仅仅需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。积累的化肥还能危害人体健康，大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质！化肥含有的有毒物质还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡，过量的化肥往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
农药滥用也是我国农业发展的一大问题，过量的农业会污染空气和水环境，造成土壤板结。这些流失到环境中的农药通过蒸发和蒸腾作用飘到大气中，漂浮的农药被空气中的灰尘吸收，并随风蔓延，造成大气环境污染。大气中的农药通过降雨流入水中，造成水环境污染，危害人畜，特别是水生生物(如鱼虾)，同时，农药流失到土壤中也会造成土壤板结。
一些农药还会增强病菌和害虫对农药的抵抗力，长期使用同一种农药，最终会增加病菌和害虫的抵抗力。今后必须不断增加农药的使用，以防治同种病菌和害虫。否则，就无法达到消灭病菌和害虫的目标，形成恶性循环。
农药的灭杀是无差别的灭杀，杀死病菌的同时往往也会杀死有益生物。大多数杀虫剂不分青红皂白地杀死各种生物，包括对人类有益的生物，如青蛙、蜜蜂、鸟类和蚯蚓。这些益虫和益鸟的减少或灭绝，又会造成害虫的泛滥，最终影响农业生产。
